子宫内膜异位症是因为经血不畅，子宫内膜的一些碎片随着经血通过输卵管倒流到其他组织，在其他的组织或器官上扎根、生长起来，子宫内膜异位症为良性病变，但具有远处转移和种植能力。
子宫内膜异位的发病原因有三类
1、子宫内膜种植
月经期脱落的子宫内膜碎屑随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢表面或盆腔其他部位。如严重的后倾后屈子宫及先天性宫颈狭窄或阴道闭锁者，易并发本症。剖宫取胎手术时，可将内膜碎片带至腹壁伤口上，形成腹壁子宫内膜异位症。此为种植学说的有力例证。
2、体腔上皮化生
卵巢生发上皮、盆腔腹膜、直肠阴道隔等都是由具有高度化生潜能的体腔上皮分化而来，均具有潜在能力化生成为子宫内膜样组织。
3、淋巴及静脉播散异位
子宫内膜碎屑通过淋巴或静脉播散种植，可造成远隔器官的内子宫内膜异位症，如肺、胸膜病灶等。
子宫内膜异位的病理变化
（1）内在性内膜异位症局限于子宫肌层使子宫不规则增生，酷似子宫肌瘤，切面可见增生的肌组织也似肌瘤呈旋涡样结构，还可见散在紫褐色陈旧性出血斑点，且外周无包膜，此种病症称子宫肌腺瘤；异位的内膜弥散于整个子宫肌壁，使子宫较均匀地增大，称子宫肌腺病。
（2）外在性内膜异位症最常发生在卵巢，由于周期性出血，可出现血性囊肿，多为6～7cm直径大小，表面为一层原纤维囊壁包绕，内含棕黑色粘稠陈旧血液，又称“巧克力”囊肿，多与周围有紧密粘连。其次子宫直肠隐窝之腹膜、子宫骶骨韧带、直肠阴道隔甚至直肠前壁，常有散在紫褐色出血点或结节，使肠壁与子宫后壁及卵巢间形成致密粘连，术中很难分离。
